År 2013 ödelades världen av en domedagsliknande händelse. Nästan hela mänskligheten utplånades och jordens yta förvandlades till en förgiftad ödemark. En handfull personer sökte skydd djupt ner i Moskvas tunnelbanesystem och mänskligheten gick en ny mörk tidsålder till mötes.
Det är nu år 2033. Du är Artyom, född precis innan världen sattes i brand men uppvuxen under jord.Du har aldrig vistats utanför din tunnelbanestations gränser, men en ödesdiger händelse gör att du ger dig ut på en desperat färd till tunnelbanesystemets hjärta för att varna de övriga som är kvar om den förestående faran. Du färdas genom bortglömda katakomber under tunnelbanegångarna till det ödsliga landskapet ovan jord där mänsklighetens öde vilar i dina händer.