Året är 2030 och vi vet inte var verkligheten slutar och den virtuella världen tar vid. Skillnaden mellan cyborg och människa är hårfin och cyberbrott, spionage och terrorism hemsöker ett samhälle som förlorats mellan människa och teknologi.
Major Kusanagi och officer Bateau från nionde gruppen skickas ut för att bekämpa en terroristorganisations vapenhandel i ett uppdrag som för dem allt djupare ner i en sammansvärjning av spökhacking” och människomodifiering på cybernet.