G.C. 2015- Gamindustri har gått in i en osäker säsong som kallas CPU Shift Period. Under denna tid av social oro har avvärjande rykten om CPUerna börjat mätta Gamindustri. Neptune och de andra oroar att medborgarna kommer snart att uppmana nya ledare att ersätta dem och att deras regler kommer att sluta.
I dessa kritiska stunder för Planeptune, försvinner Neptun och Nepgear mystiskt. Deras destination: En avvikande värld som närmar sig sin katastrofala ände, kallad Zero Dimension. De stöter på den sista återstående CPU i denna värld, Uzume Tennouboshi, som desperat utför en ensam kamp mot ett kolossalt ont som kallas Dark CPU.
Kommer Neptun och Nepgear att kunna samarbeta med Uzume för att rädda Zero Dimension från tragedi? Så börjar ett nytt äventyr för Neptune…