Breakthrough är en samling av stora operationer som skedde i Europa och Afrika mellan 1943-1944. Spelet innehåller 11 nya singelplayerbanor och 9 multiplayer. Dessutom finns det med en rad nya truppslag, vapen och miljöer.
Du är U.S. Army Sergeant John Baker och du börjar din strid vid Kasserine Pass i Nordafrika och fortsätter sedan till Italien. Du har en hel arsenal av vapen att välja på och du kommer att strida både ensam och i sällskap med medlemmar ur din grupp och ni måste visa mod för att stoppa de framryckande axelmakterna. I multispelarläge finns en ny funktion, Liberation Mode. I det här läget måste skjutna soldater räddas av en lagkamrat för att kunna fortsätta spelet. Dessutom återinförs de populära spelformerna Tug-of-War och Objective mode.
I Breakthrough kan du även hoppa i fordon och använda dem i strid. Man kan även kalla på luft- och infanteriunderstöd samt använda minröjare för att säkert ta sig fram i terrängen.
För att spela Medal of Honor Allied Assault Breakthrough måste du ha Medal of Honor Allied Assault installerat på din hårddisk.