Fem år efter det att han hjältemodigt bringat Imperiet på fall, är han nu till följd av en konspiration förrådd, fängslad och dömd till döden. På själva dagen för Spencers avrättning provspränger terrorister ett nytt vapen över Ascension City. Det sätter igång en jordbävning som slår staden i spillror och utplånar dess befolkning.
När nu staden kontrolleras av en terroriststyrka vars mål är höljt i dunkel har FSA inget annat val än att förlita sig på en bionisk kommandosoldat.
I Bionic Commando flyttas originalets älskade sving-och-skjutaction över till en överdådig 3D-miljö fylld av skyhöga byggnader, djupa dalar och branta bergssidor där bil- och enspårsbanor svävar högt upp i luften. En värld som man tar sig fram i genom att svinga sig fram och använda sig av olika bergsbestignings- och fasadklättringstekniker.
Bionic Commando kommer att innehålla ett flygfärdigt flerspelarläge där du med hjälp av vajermekanik kan svinga dig mellan olika höga platser när du förföljer dina motståndare. Alla de färdigheter som du tillägnar dig i enspelarläget kommer krävas när du ska bevisa att du besitter en Bionic Commandos verkliga krafter i och med att spelet innehåller gruppmatchning och välutvecklad statusspårning.
Svinga dig med hjälp av din robotarm mellan höga skyskrapor i hisnande hastigheter, haka fast dig vid fjärran föremål, fira dig upp på hängande balkar och välj din egen färdväg genom spelet
Spelupplägget utnyttjar såväl horisontala och vertikala miljöer – Det här är ett 3D-spel som verkligen utnyttjar alla de tre dimensionerna
Fullskaligt flerspelarläge med utvecklad statistikspårning för kontroll av vem som verkligen är en äkta kommandosoldat och vem som bara är en simpel menig