Prince of Persia är inspirerat av persisk mytologi, och du spelar en hjälte som börjar sitt äventyr som en vandrare som fångas i en kraftig sandstorm, och som sedan upptäcker att han hamnat i ett förbjudet land. Efter att ha råkat träffa Ahriman, den uråldriga mörkerguden, och blivit vittne till förstörelsen av gudens fängelse, livsträdet, är prinsen fångad i den episka kampen mellan ljusets och mörkrets krafter. Att stoppa Ahriman är det enda sättet att förhindra att världen kastas in i ondska och korruption.
Prinsen får sällskap på sitt äventyr av magikern Elika, en släkting till livsträdets väktare, som ger information och hjälp i både strid och pussellösning. Du är med andra ord aldrig ensam när du färdas bland miljöer som slott, klippor och raviner.